鳳頭燕鷗為臺灣稀有之夏侯鳥，每年大約3月出現，10月左右離開，7月至9月為出現的高峰期，通常出現於岩礁或河口區。馬祖、基隆、宜蘭蘭陽溪口、淡水河口、關渡、大肚溪口及四草等沿海濕地皆有記錄到其蹤跡。鳳頭燕鷗以捕食魚類為生，有時甚至可以在漁港的上空發現。