花嘴鴨屬於冬候鳥，繁殖期間，大多待在緯度較低的溫帶地區，多築巢於地面草澤，亦有紀錄築巢於樹洞中，雛鳥為早熟性以水生動、植物為食。

早年臺灣的農耕社會，在秋冬兩季，可在低拔地區湖泊、草澤、河口草原與農耕地看見花嘴鴨棲息其間。近年由於社會經濟體系的改變，許多農業區與河川日漸消失，也使得花嘴鴨的分布的區域越來越狹隘。目前在宜、花、東、西部沿海的農業區或國家公園範圍內遇見的機率較大，而「淡水河流域」因為保留許多自然野地，像是關渡、華江橋、五股濕地及其他河岸公園綠地，成為北部地區可見到花嘴鴨的稀有場域。