五股濕地大部分場域是人為營造，廣大的面積及各種不同類型的區域，都需要依靠人力進行維護與管理。

像是水鳥灘地營造後，需要長期維護，防止灘地逐漸長草、陸化；定期的草地巡守、通報，降低民眾擅自摘取植物、捕撈動物、私自種植及隨意放生動物等行為；外來種入侵的移除，如小花蔓澤蘭、銀合歡、巴拉草、布袋蓮等，抑制其擴散或是完全移除；不定時的安排撿拾垃圾的行動，移除隨意棄置垃圾，避免污染濕地環境，甚至成為海洋廢棄物，減少後續的污染問題。

除了人力的介入，透過推動「讓大自然自行管理」，讓許多區域恢復成接近自然的狀態，像是茂密的蘆葦叢，讓四斑細蟌有合適的棲息環境；灘地及長草地提供給不同的鳥種棲息，這些自然場域的生態維持，也都是棲地維護的重要工作項目。