荒野保護協會認養五股濕地以來，推動「讓大自然自行管理」的概念，由於自然環境隨時的變化，生物的組成也會隨之改變。藉由物種的調查建構有效參考資料，提供維護管理上的重要依據。

為了恢復棲地成為適合水鳥的棲息環境，志工定期進行「鳥類調查」了解鳥種的組成，也因此在2005年發現四斑細蟌的蹤跡，確立了五股濕地在守護河口生態環境的重要性。除此之外，各式的物種調查也將成為重要的生態環境的資訊。

有鑑於物種調查對生態環境的重要，近年來積極推動公民參與，邀請更多人一起加入調查行列，透過簡單拍照上傳到 iNaturalist ，一同建立五股濕地的物種名錄與分佈，期待透過獲得更多的調查資訊，能夠一窺五股濕地的生態環境的奧秘。