五分港溪舊稱「雙溪河」，早期因下游辦理截彎取直工程而使原本的河道斷流，但因附近農田仍有灌溉之需得以保留、專供灌溉使用。兩岸因保有天然的土堤和水岸林木，也讓如穗花棋盤腳、烏桕、苦楝、水黃皮等樹木得以保存，提供了都市野生動植物重要的棲息環境，此自然地景風貌如今已是臺北市「僅存」且難得的珍貴資產。

由於五分港溪位置靜僻，常常發現家庭垃圾、遊客及釣客隨手丟棄垃圾於土堤，垃圾隨著雨水沖入河道，造成河川污染。荒野保護協會不定期舉辦淨溪活動，與所有關心溪流潔淨的民眾一同攜手恢復五分港溪天然的原始風貌。